【2026年最新】医療法人・クリニックのIT導入補助金　電子カルテやレセコンの補助額

クリニックのITシステムの導入には、国の助成金が使えます。電子カルテ・レセコン・予約システム・Web問診・オンライン診療といったソフトが対象で、医療法人でも個人開業医のクリニックでも申請できます。使えるのは「デジタル化・AI導入補助金2026」（旧IT導入補助金）の通常枠です。

この補助金は、かかった費用の半分が戻る制度で、例えば300万円の導入なら約150万円、多い場合は450万円まで戻ります。

この記事では、何が対象になるのか、どう調べて申請するのかをまとめています。

あなたが入れたいものは、対象になる？

入れたいものが決まっているなら、まずこの表で使えるかどうかを確かめてください。

表に出てくる「プロセス」は、この制度が使っている業務の区分です。たとえば、

• 電子カルテ → 「診療記録」の1プロセス
• 予約システム → 「予約管理」の1プロセス
• 会計システム → 「会計」の1プロセス

という数え方です。つまり、電子カルテだけ導入するなら1プロセス。電子カルテ＋予約システムなら2プロセス、というイメージです。

※ ○は、事務局にITツールとして登録されている製品が対象です。
※ 補助額150万円未満は1プロセス以上、150万円以上は4プロセス以上の導入が必要です。通常枠の補助上限は最大450万円です。
※ 受付システムはソフト部分のみ対象で、機器本体は対象外です。ソフトと機器を切り分けられない場合は対象外となります。
※ 予約システムは、院内で予約を管理する機能が対象です。患者向け予約画面の作成費用は、原則として対象外です。
※ Web問診は、対象経費にはなりますが、プロセスの数え方は製品の登録内容によります。
※ PC・タブレットなどの機器は、通常枠では原則対象外です。ただし、インボイス対応類型では、POSレジなど決済に使う機器が対象になる場合があります。

注意！早見表で○でも、製品が登録されていなければ対象になりません

対象になるのは、事務局にITツールとして登録された製品だけです。品目として対象でも、検討している製品が登録されていなければ補助は出ません。公式のITツール検索で、製品名と事業者名から確認できます。

• ✓支援枠を「通常枠」にして検索する検索画面で通常枠・インボイス枠・セキュリティ対策推進枠を選べる。枠ごとに対象が違うので、通常枠で出てくるかを見る
• ✓ITツール番号と、登録している事業者を確認する同じ製品でも、見積りを取る相手が登録事業者かどうかは別。申請を一緒に進める相手が登録されているかを見る
• ✓その製品がどの機能で登録されているかを見るプロセスの数え方に直結する。150万円以上を狙うなら、機能の内訳を事業者に確認する

何が対象？何が対象外？

通常枠の補助対象経費は、ソフトウェア購入費・クラウド利用費（利用料は最大2年分）・導入関連費の3つです。機器は入りません。公募要領には「ソフトウェアのみが対象であり、ハードウェア部分は対象外とする。また、ソフトウェアとハードウェアが一体となっており、切り分けが困難な場合も対象外とする」と書かれています。

見積りを見るときは、行ごとに次のように振り分けます。

実務でつまずきやすいのは最後の行です。「システム込みの機器一式」で見積りが来ている場合、内訳を分けてもらわないとソフトの部分まで一緒に外れます。見積りを取り直す時間も締切からの逆算に入れてください。

対象になる条件は？保険診療なら賃上げ計画も不要

公募要領の対象事業者の表には「医療法人、社会福祉法人」という業種区分があり、常時使用する従業員が300人以下であれば対象になります。個人開業医についても、交付申請の要件が「法人又は日本国内に補助事業の実施場所を有する個人であること」となっていて、必要書類にも個人事業主向けの一覧が用意されています。

規模の要件のほかに、納税状況や国内で事業を営んでいることなどの共通要件もあります。また「常時使用する従業員」の数え方は雇用形態だけでは決まりません。要領には「労働基準法第２０条に規定する『予め解雇の予告を必要とする者』を意味する」「会社役員及び個人事業主は…『常時使用する従業員』に含まれない」と書かれています。人数が境目に近いなら、2026年の通常枠の公募要領で確認してください。

開業前の先生がこの制度を資金計画に織り込むことはできません。交付申請には直近の確定申告書の控え（個人）や法人登記（医療法人）が必要で、開業前には書類そのものが存在しないからです。最短でも、開業して確定申告を1期分終えたあと、設備の更新や追加導入のタイミングで使う制度になります。

150万円以上でも、保険診療の医療機関は賃上げ計画が要らない

一般の中小企業が補助額150万円以上を申請する場合、翌事業年度から3年間の事業計画を作り、賃上げを実行する義務が付きます。1人当たり給与支給総額の年平均成長率を3%以上、事業場内で最も低い賃金を地域別最低賃金＋30円以上の水準にする、という中身で、未達なら補助金の返還を求められます。

この要件について、公募要領は「保険医療機関及び保険薬局」を適用外と定めています。150万円以上を申請する者の条文にも「（（ニ）に掲げる適用外の者は除く。）」という括弧書きが入っていて、保険診療を行う医療機関は賃上げ計画を作らずに150万円以上を申請できる建て付けです。ただし適用外とされているのは保険医療機関と保険薬局です。保険医療機関の指定を受けていない院（自由診療のみの美容クリニックなど）は、賃上げ計画が必要になる可能性があります。

賃上げ計画が外れても、交付後3年間の効果報告そのものは残ります。

どこに相談・申請する？

実際の申請では、原則としてIT導入支援事業者と組んで申請する必要があります。製品を選んだ時点で申請の相手も決まります。IT製品の会社がIT導入支援事業者になるので、その会社が相談相手です。

入力の支援はしてもらえますが、最終的な確認・宣誓・提出は自院で行う必要があります。事業者に任せきりにして名義だけ貸す形になると、交付の取消しにつながります。「4プロセス以上」を実際にどう数えるかも、候補の製品が決まった段階で事業者に確認するのが確実です。ツールと事業者は公式の検索ページで都道府県・機能から絞り込めます。

自院の場合、いくら得か計算する

戻るのは対象経費の半分です（補助率1/2以内）。補助額には2つの区分がありますが、150万円を超えると補助率が上がるわけではありません。上がるのは要件の側です。もう1つ注意したいのは、区分の境目が「導入額」ではなく「補助額」で切れることです。補助率1/2なら、対象経費の合計が300万円になったところで補助額が150万円に届き、そこから上の区分に入ります。

（ソフトウェア購入費 ＋ クラウド利用料24か月分まで ＋ 導入関連費）× 1/2 ＝ 補助額。ハードウェアはこの合計に入れません。製品ごとの初期費用と月額は、クリニックのネット予約システム比較｜費用相場と選び方に予約システムの料金をまとめてあります。

※ 1円未満は切り捨てた単純計算です。実際の交付決定額は審査と要件の充足状況で変わります。

補助率が2/3になるのはどういう場合か⌄

令和6年10月から令和7年9月までの間に、「その期間の地域別最低賃金以上・令和7年度改定の地域別最低賃金未満」で雇用していた従業員が全従業員の30%以上である月が3か月以上あった場合、補助率は2/3以内になります。将来の賃上げ目標ではなく、過ぎた期間の雇用実態を問う要件なので、いまから満たしにいけるものではありません。該当する場合は、上の表の補助額を約1.33倍したあたりが目安になります。

自治体の補助金も使える場合がある

都道府県が医療機関向けのIT補助を出していることがあります。ただし年度単位の事業が多く、他院が使った制度が今年も動いているとは限りません。

同じ「自治体の助成」でも、期待していい額は18万円から300万円まで開きます。

東京都の制度は補助率3/4で国の通常枠（1/2）より高いのですが、次の3つが条件になります。

• 電子カルテの仕様……SS-MIX2ストレージ、またはHL7 FHIR記述仕様で情報を出力できること
• 導入から1年以内……地域医療ネットワーク、または東京都医師会の「東京総合医療ネットワーク」へ閲覧施設として参加すること
• 交付年度から5年間……実績・効果・課題の調査を都に提出すること

補助は1回でも、ネットワーク参加と調査提出は5年続きます。交付決定の通知前に契約すると対象外になるのは、国の制度と同じ構造です。

令和8年度分の受付は終わっていますが、例年続けて実施されているので次年度の再募集は見込めます。都内で電子カルテを入れ替えるなら、次の公募を待つ選択もあります。

国の通常枠はハードウェアが対象外ですが、自治体の制度ではタブレット端末のような機器が対象経費に入ることがあります。機器を補助で入れたいなら、まず自治体を当たるほうが早いということです。ただし東京都のように対象経費が電子カルテ関連に絞られ、用途が限定されない汎用の機器は外れる制度もあります。

探すときは、自治体サイトのどの部署のページかを先に見てください。医療機関向けの制度は保健医療部・医務課・医療政策課・地域医療推進課の側にあります。商工や産業振興の補助金一覧をいくら探しても出てきません。

もう1つ、診療所向けの自治体助成は縮小局面にあります。兵庫県・福岡県と同じ全国スキームは、令和8年度から病院限定の後継事業に切り替わりました。探しても見つからないことがあるのは、探し方が悪いからとは限りません。

• ✓都道府県の医務課・医療政策課・地域医療推進課のページを直接見る「〇〇県 医療政策課」で公式ドメインを探す
• ✓検索語を制度の系統に合わせる「〇〇県 医療機関 生産性向上 職場環境整備」「〇〇県 医科診療所 電子カルテ 補助金」「〇〇県 地域医療介護総合確保基金 ICT」「〇〇県 遠隔医療 設備整備」
• ✓まとめサイト経由で探さない終了した制度の情報が残りやすい。リードを見つける用途に留め、公式ドメインへ移る
• ✓金額と要件は交付要綱のPDFで確認するページ本文の要約と要綱で条件が違うことがある。都道府県医師会のサイトも一次資料が整理されていて使える
• ✓募集要項の「対象者」欄で医療法人が除外リストに入っていないかを最初に見るここで大半がふるい落とせる

※ 主要な自治体を確認した範囲の結果で、47都道府県すべてを調べたものではありません。ここに挙がっていない県に医療機関向けの制度が存在しないという意味ではありません。

使えるのは「デジタル化・AI導入補助金2026」の通常枠

「補助金が使えます」と言われて調べ始めると制度名がいくつも出てきますが、国の制度でクリニックが実際に申請できるのはこの通常枠だけです。ほかは対象者の要件で入口から外れます。

ほかの制度が使えない理由⌄

• 中小企業省力化投資補助金……医科の医療法人は公募要領で対象外です（歯科医業を営む医療法人だけが例外として対象に入っています）
• 産業振興系の自治体デジタル化補助金……東京都・愛知県・神奈川県はいずれも医療法人を対象外と明記しています
• 医療分野向けの都府県のICT助成……2026年度は病院限定に縮小され、診療所が外れたものがあります
• 医療DX推進体制整備加算……診療報酬の加算です。導入費用を後から補填する補助金ではありません

申請の前に済ませておく3つの手続き

交付申請の受付は年度内に何回かに分けて行われ、通常枠は1次から7次までの締切が設定されています。いま申し込める回の締切は公式の事業スケジュールで確認してください。

どの回に出すとしても、締切日までに用意するのは書類だけではありません。申請に使うGビズIDプライムの発行に時間がかかるためで、公募要領にも「ＧビズＩＤプライムアカウント発行までの期間はおおむね２週間であり、早めの申請手続きを行うこと。」と書かれています。持っていない院は、狙う締切の2週間以上前に発行申請を出しておく必要があります。

交付申請の前提になる手続きは3つあります。

省力化ナビは中小機構のサイトで、解決策のPDFをダウンロードして確認しておくことが要件です。使うときに申請用のGビズIDプライムを入力します。SECURITY ACTION の宣言は自院で完結します。

• ✓GビズIDプライムを持っているか確認する持っていれば2週間の待ちは発生しない。ここが最初の分岐点になる
• ✓導入したい製品が事前登録されたITツールか、ベンダーに確認する登録がない製品は、どれだけ良いものでも補助の対象にならない
• ✓交付決定まで契約・発注・支払いを止めておく交付決定の通知が来るまで動かさない。それより前に契約すると対象外になる

申請時の注意点

事故は「間に合わない」と「急いで発注してしまう」の2つに集約されます。しかもこの2つは連動します。締切が迫って焦った院が、交付決定を待たずに発注して対象外になるからです。

交付決定前の契約・発注・納品・支払いは対象外です。さらに、実績報告のあとの確定検査では順序まで見られます。契約・発注よりも先に納品や支払いが行われていた場合、代金の請求より先に支払いが行われていた場合は、交付決定の取消しになることがあります。

• ✓交付決定より前に契約・発注しない見積り取得や社内検討は進めてよい。契約書に判を押す行為だけを止める
• ✓請求より先に支払わない順序が逆になっているだけでも取消しの対象になり得る
• ✓事前登録されていない製品で見積りを進めない「補助金が使えます」と言われても、登録の有無は自院でも確認する
• ✓効果報告を出さないまま放置しない交付後3年間の報告義務がある。賃上げ要件が適用外でも、報告そのものは残る

よくある質問

ベンダーから「補助金が使えます」と言われたが、そのまま進めていい？⌄

2つだけ自院で確認してください。その製品が今年度の対象ITツールとして事務局に登録されているか、そして契約・発注が交付決定より後になる段取りになっているか。この2つが崩れると、申請しても補助は受けられません。

過去にIT導入補助金を使った。また申請できる？⌄

申請自体はできますが、過去に採択されたソフトウェアと業務プロセスが完全に一致する場合は不採択になります。前回と同じ範囲の入れ替えではなく、カバーする業務が増える内容にする必要があります。

まとめ

国の制度でクリニックが使えるのは「デジタル化・AI導入補助金2026」の通常枠だけで、医療法人も個人開業医も対象です。対象経費の半分が戻り（補助率1/2以内）、4プロセス以上をカバーする導入なら上限は450万円。保険診療を行う医療機関であれば、150万円以上を申請するときの賃上げ計画は要りません。

対象になるのはソフトウェアとクラウド利用料（最大2年分）、導入関連費です。機器そのものは対象外なので、自動精算機や端末の本体代を補助で入れたい場合は自治体の制度を、それも制度名ではなく医務課・医療政策課のページから探します。

交付申請の締切は年度内に何回かあります。GビズIDプライムの発行に2週間かかるので、狙う締切に間に合わせるなら発行申請が先です。そして交付決定の通知より前に契約・発注しないこと。この2点を外すと、要件を満たしていても補助は受けられません。

• 中小企業庁・中小企業基盤整備機構「デジタル化・AI導入補助金2026」公募要領（通常枠・2026年8月28日改訂版）／確認日 2026年9月7日
• 同事業公募要領（インボイス枠・インボイス対応類型）／確認日 2026年9月7日
• 同事業事業スケジュール・ITツール・IT導入支援事業者検索／確認日 2026年9月7日
• 東京都保健医療局診療所診療情報デジタル推進事業／確認日 2026年9月7日
• 兵庫県医療機関等生産性向上・職場環境整備等緊急支援事業／確認日 2026年9月7日
• 福岡県医療従事者勤務環境改善促進費補助金／確認日 2026年9月7日

※ 締切日・交付決定日・実績報告期限は事業スケジュールの公表値です。同ページは締切回ごとのタブ表示になっており、掲載されているのが何次締切分かは特定できていません。本文では「直近の締切」として扱っています。
※ 賃上げに関する要件の適用外は、公募要領の（ニ）が（テ）（ト）（ナ）の各要件に及ぶ形で規定されています。
※ 対象になる業務プロセスと機能例、受付システム・予約受付台帳の注意点は、公募要領の別紙2に記載されています。
※ 市区町村が独自に行っている助成については、今回は確認できていません。
※ 歯科医院・訪問看護ステーション・薬局を名指しした記載は、通常枠の公募要領には見当たりません。「個人開業医」という語も要領にはなく、交付申請の要件と必要書類の記載から整理したものです。
※ 補助制度は年度ごとに公募回・要件・補助率・対象ツールが変わります。申請の際は必ず公式サイトで最新の公募要領を確認してください。